Barlog:

ставлю редирект в корне сайта в htaccess вида "Redirect 301 source dest" - он редиректит все, включая поддомены. что делать? :)

cPanel? и корневые директории поддоменов внутри корневой основного домена?

Я навскидку – чаще всего такую конфигурацию делает cPanel. :)

Вот поэтому правила в .htaccess директории главного домена и работают в поддоменах: они распространяются на поддиректории, если в этих поддиректориях нет своего .htaccess, где эти правила переопределены.

К чертям пропись для mod_alias (вообще всегда и всем не советую им пользоваться - он условий не понимает). В этом случае mod_rewrite сработает умнее.

Перелет с maindomain.com и с www.maindomain.com на otherdomain.com (во всех поддоменах, кроме www редиректа не будет)


Одна мелочь: попытки обращения к поддоменам, как к поддиректориям основного домена тоже приведут к редиректу.
Например _http://maindomain.com/subdomain/ перенаправит на _http://otherdomain.com/subdomain/ – но я думаю, такие обращения и не потребуются.